Le juge d’application des peines (JAP) détermine, au terme du procès pénal, les modalités d’exécution des peines restrictives de liberté. Il est ainsi chargé de contrôler et de définir dans quelles conditions le condamné exécute sa peine. Il statue à huis clos, assisté de l’administration pénitentiaire ; il peut être saisi d’office, par le procureur de la République ou par le condamné. Il est compétent pour décider de différentes mesures ; ses décisions sont susceptibles de recours devant la Cour d’appel. La mission principale du JAP dans l’exercice de ses fonctions en milieu ouvert est une mission de contrôle ; pour cela, il peut obliger les condamnés à comparaître devant lui, au moyen d’un mandat d’amener ou d’arrêt.
Il peut notamment ordonner le placement à l’extérieur et en semi-liberté, avec ou sans surveillance électronique. Ces mesures sont accessibles aux personnes condamnées à une peine de prison inférieure à 2 ans ; elles doivent s’adresser au greffe de l’établissement pénitentiaire ou directement au JAP par courrier. Le placement à l’extérieur et la semi-liberté permettent au condamné d’effectuer – en dehors de la prison – une activité professionnelle, une formation, une recherche d’emploi, ses devoirs familiaux, un traitement médical ou un suivi de réinsertion ; en dehors des activités de jour, le condamné rejoint un lieu déterminé par le juge (foyer, domicile ou prison) aux horaires indiqués. À défaut du respect de ces obligations, le condamné risque sa réincarcération et de nouvelles poursuites pénales.
Le JAP peut également fractionner ou suspendre une peine de prison inférieure à 1 an, pour les personnes justifiant de difficultés familiales, professionnelles ou médicales importantes ; l’infraction commise ne doit toutefois pas constituer un crime. Le fractionnement et la suspension de la peine permettent au condamné d’alterner des périodes d’enfermement avec des périodes de liberté, pendant une durée maximale de 3 ans. De même, au terme de la période de sûreté, le condamné justifiant d’une bonne conduite et d’efforts de réinsertion visibles peut bénéficier d’une réduction de peine d’une durée maximale de 5 mois par année d’emprisonnement. C’est aussi le JAP qui accorde ou non la libération conditionnelle à un prévenu. Cette mesure est accessible aux condamnés qui justifient d’un projet de réadaptation sociale, et qui ont effectué au minimum la moitié de leur peine. Le condamné est remis en liberté avec une mise à l’épreuve d’une durée au moins égale à la durée de la partie de la peine non effectuée, mais qui ne la dépasse pas de plus de 12 mois. Pendant toute la durée de la mise à l’épreuve, le condamné est soumis à des contrôles. À défaut du respect de ses obligations – ou si le condamné commet une nouvelle infraction –, il est réincarcéré.
Enfin, le JAP intervient lorsqu’un individu est condamné à une peine restrictive de liberté. Ainsi, en cas de prison avec sursis et mise à l’épreuve, la personne est condamnée à une peine de prison, mais reste libre, à condition d’effectuer certaines obligations (suivi médical, travail d’intérêt général, etc.). À défaut, le JAP allonge la durée demise à l’épreuve ou révoque le sursis.
Sinon, lorsque l’infraction constitue une contravention et que le préjudice est en voie de réparation, le juge du tribunal de police peut retarder le prononcé de la peine en prescrivant certaines mesures. On parle alors d’un ajournement de la peine. Le JAP est en charge du contrôle du respect de ces mesures. Il s’occupe aussi du suivi socio-judiciaire.